Q.ルビを見ると、-mişのşの発音と-mışのşの発音が違います。これはどういうことなのでしょうか。

Ａ．読み方をあえてルビで表示すると、içmişは［イチミシ］、yapmışは［ヤプムシュ］になります。いずれも語末に同じ子音［ş］が位置するにもかかわらず、それぞれ異なる音のように感じるのは、şが直前の母音に引きずられやすいことが原因だと思われます。
şは直前にeまたはiがあれば［シ］、その他の母音があれば［シュ］のように聞こえます。
　beş［ベシ］、iş［イシ］、arkadaş［アルカダシュ］、altmış［アルトムシュ］、boş［ボシュ］、duş［ドゥシュ］、görüş［ギョリュシュ］
このような現象はçとkにも見られます。
　seç［セチ］、iç［イチ］、kaç［カチュ］、koç［コチュ］、suç［スチュ］、öç［オチュ］、üç［ウチュ］
　kek［ケキ］、kemik［ケミッキ］、ak［アク］、tok［トク］、soğuk［ソウック］、kök［キョキュ］、büyük［ビュユッキュ］

参考
　ニューエクスプレストルコ語　p.74、p.82