Q. baş ağrıのとき限定語尾()がつくのに、başbakanのときはどうして何もつかないのでしょうか?

A.başは、本来「頭(あたま)」「頭部」の意味を表し、文法上名詞として扱われます。したがって、他の名詞と組み合わせるときは、後続の名詞に限定語尾をつけるのが原則となっています。
baş ağrı 頭痛 (<ağrı 痛み)
baş örtü 頭巾、スカーフ (<örtü カバー)
başは、形容詞として「頭(かしら)の」「ヘッドの」「長の」の意味で使われることもあります。この場合、名詞と組み合わせても、限定語尾をつけません。
başkent 首都 (<kent 都市)
başbakan 総理大臣 (<bakan 大臣)
başkonsolosluk 総領事館  (<konsolosluk 領事館)

参考
 ニューエクスプレストルコ語 p.32, p.123

  ►► トルコ語の個人授業なら、首都圏どこでもトルコ語レッスン
  ►► 東京のトルコ語講座なら、トルコ語ひろば渋谷教室四谷教室