Q. ２人称単数の付属語と間接命令形の活用語尾が同じだと思うんですが、見分ける方法はありますか。

A. それぞれ特徴があり、見分けるのは難しくありません。
２人称単数の付属語-sın/-sun/-sin/-sünは名詞や形容詞のほか動詞の活用形とともに用いられ、主語が２人称単数であることを表します。付属語なのでアクセントはありません。
　(Sen) doktorsun. （君は）医者だ。
　(Sen) gençsin. （君は）若い。
　(Sen) hangi kitabı okuyorsun?　（君は）どの本を読んでるの？
　(Sen) yarın gelecek misin?　（君は）明日来るつもり？
間接命令形の活用語尾-sın/-sun/-sin/-sünは動詞の語幹にしかつきません。主語が３人称のときに使われます。語尾なのでアクセントがあります。
　Ayşe hangi kitabı okusun?　アイシェにどの本を読んでもらう？
　Mehmet yarın gelsin mi?　メフメットに明日来てもらう？

参考
　ニューエクスプレストルコ語　P.27, P.122, p.132

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